На базе Детской городской клинической больницы № 13 имени Н.Ф.Филатова с 1931 года плодотворно работают кафедры Российского Государственного Медицинского Университета:
кафедра хирургических болезней детского возраста с курсами эндоскопической хирургии и детской урологии и андрологии ФУВ (заведующий кафедрой - академик РАМН, профессор Исаков Юрий Федорович),
кафедра детских болезней № 2 с курсом нутрициологии ФУВ (заведующий кафедрой – академик РАМН, профессор Тоболин В..),
кафедра неонатологии ФУВ (заведующий кафедрой – академик РАМН, профессор Володин Н.Н.),
кафедра детской анестезиологии и интенсивной терапии ФУВ (заведующий кафедрой – профессор Цыпин Л.Е.).
ОТДЕЛЕНИЕ ВОССТАНОВИТЕЛЬНОГО ЛЕЧЕНИЯ тесно взаимодействует в поликлинике детской клинической больницы № 13 им. Н.Ф. Филатова с кафедрой ВОССТАНОВИТЕЛЬНОЙ МЕДИЦИНЫ Московской медицинской академии им. И.М. Сеченова. В отделении ведут прием научные сотрудники отдела ЗАБОЛЕВАНИЙ ДЕТЕЙ И ПОДРОСТКОВ Российского научного центра восстановительной медицины и курортологии Росздрава (Научно-Исследовательский Институт Физиотерапии и Курортологии)
Российская медицинская академия последипломного образования представлена в больнице кафедрами:
оториноларингологии детского возраста (заведующий кафедрой – профессор Шеврыгин Б.В.),
лучевой диагностики детского возраста (заведующий кафедрой – профессор Филиппкин М..),
курсом детской токсикологии кафедры детской анестезиологии и реанимации (заведующий курсом – профессор Луцкий Я.М.)
Наличие кафедр позволило повысить роль научных исследований в практическом здравоохранении, оказывать медицинскую помощь на современном высоконаучном и технологическом уровне.